Понятие «ведущая научная школа» определено как: «…сложившийся коллектив исследователей различных возрастных групп и научной квалификации, связанных проведением исследований по общему научному направлению и объединенных совместной научной деятельностью». Советом по грантам Президента Российской Федерации по разделу «инженерные и технические науки» были выделены две школы, основателем и бессменным лидером которых является научный руководитель ФАУ «ГосНИИАС», доктор технических наук, академик РАН Федосов Евгений Александрович. Научные школы ГосНИИАС - стабильный устойчивый коллектив ведущих ученых России, объединенный ярко выраженным лидером, чья научная работа была неоднократно отмечена Государственными наградами и премиями. Научные школы института имеют заслуженное признание как в России, так и за рубежом, проводят международные конференции и являются соучастниками проектов многих международных сообществ, в том числе SPIE (Международное общество по оптической технике), ISPRS, IFAC.
 

Научная школа «Системы обработки информации и управления современных и перспективных летательных аппаратов»

Научная школа, ориентированная на теоретические и экспериментальные исследования в области разработки и внедрения информационных технологий, связанных с производством информационных и управляющих систем для эффективного выполнения тактических, оперативных и стратегических задач современными и перспективными летательными аппаратами. Научной школой внесен значительный вклад в разработку и развитие авиации страны.
 

Научная школа «Методы обработки информации в современных системах управления»

Научная школа, ориентированная на исследования в области конкретных прикладных задач при разработке фундаментальных основ проблем обработки информации и построение научно-технических подходов, реализуемых в дальнейшем в виде конкретных физических устройств на базе современной вычислительной техники. Под научным руководством заместителя генерального директора ФАУ «ГосНИИАС» по науке д.т.н. академика РАН С.Ю. Желтова школа проводит исследования и разработки в области технологий интеллектуализации пилотируемой и беспилотной авиационной техники.